PubMed e CiteULike

In questi giorni ho esplorato CiteULike, un gestore online di bibliografie (simile a EndNote, per intenderci, ma con le capacità sociali proprie del sito web).CiteULike fornisce strumenti per aggiungere rapidamente singoli articoli direttamente da web. C'è anche un tool che importa da BibTex e RIS (il formato di EndNote).

Avendo perso tempo su PubMed, un po' di tempo fa, per creare una collezione di articoli relativi alla microscopia digitale tramite l'apposito strumento di MyNCBI, ho pensato bene di cercare di importare tali dati direttamente su CiteULike. Purtroppo PubMed esporta in una varietà di formati ma non nei due specific di CiteULike; del resto BibTex è usato "solo" in ambito matematico-fisico-informatico e poco più, mentre PubMed indicizza pubblicazioni biomediche. 

Uno dei formati esportabili da PubMed è un XML molto ricco, e sono partito da quello (con l'ipotesi di farmi un programmino per conto mio, se necessario). Dopo avere provato inutilmente il gestore di bibliografie open source JabRef (che importa bene, ma non esporta quel che serve), ho trovato uno script PHP per la conversione da quell'XML a BibTex. Affinché il risultato fosse accettabile per CiteULike, ho dovuto modificare lo script affinché non mettesse virgole tra cognome e nome, ed ho anche tolto il campo note, che dava qualche problema (probabilmente avrei potuto esaminare meglio il problema, ma non avevo voglia di perderci troppo tempo).

Il risultato è qua: http://www.citeulike.org/user/vdm.

Giovedì 25 Settembre 2008 at 12:12 pm | | riCercare
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