"Hackerare" la propria cartella clinica: è proprio necessario e/o efficace?

Chiunque si ritrovi con la diagnosi di una malattia pesante come il cancro ha diritto di fare quel che vuole, e quindi a Iaconesi auguro prima di tutto ogni possibile bene per il decorso della sua malattia.

Sull'efficacia del mettere online i propri dati sanitari dal punto di vista medico si è già espresso Umberto Veronesi su Repubblica; io, visto che sono docente di informatica medica, vorrei focalizzare l'attenzione sugli aspetti tecnici.
In breve, Iaconesi, cui è stato diagnosticato un probabile glioma di basso grado, ha messo online le sue immagini diagnostiche con il nome affascinante di "cura open source" per "farle vedere a molti dottori". Di esse dice su Wired:

"sono andato a ritirare la mia cartella clinica digitale: devo farla vedere a molti dottori. Purtroppo era in formato chiuso e proprietario e, quindi, non potevo aprirla né con il mio computer, né potevo mandarla in quel formato a tutti coloro che avrebbero potuto salvarmi la vita".

Sul suo sito le immagini sono disponibili come copia del CD che gli è stato consegnato e anche nel formato "hackerato", cioè in JPEG. Io mi sono scaricato l'originale, e come sospettavo si tratta di immagini in formato DICOM, lo standard utilizzato dai cosiddetti PACS (i sistemi utilizzati in radiologia per conservare le immagini digitali), ed anche per distribuire su supporto magnetico o ottico le immagini stesse.

DICOM è uno standard internazionale sviluppato da una comunità di aziende, utenti e ricercatori nel corso di molti anni proprio per ovviare al problema delle immagini in formato proprietario tipiche dei primi PACS: un insieme di dati e immagini DICOM può essere letto da qualsiasi visualizzatore DICOM, e si porta dietro tutti i dati necessari per una corretta interpretazione da parte del medico. Infatti non ci sono solo immagini, ma anche metadati come il tipo di macchinario ed i parametri di acquisizione, i dati del paziente, i dati del medico responsabile, ecc. In questo modo il medico che riceve i file ha tutto il necessario per una corretta interpretazione delle immagini.

Non solo: le immagini radiologiche hanno spesso un numero di livelli di grigio più elevato di quelli memorizzabili sui formati immagine più usuali, e visualizzabili sui monitor di uso domestico. DICOM permette quindi di memorizzare immagini con 10,12,14 bit di profondità (corrispondenti a migliaia di livelli di grigio contro i 256 che usiamo normalmente). Immagini che il medico dovrebbe esaminare utilizzando monitor adeguati e certificati.

Questi due fatti danno luogo a qualche osservazione.

Prima di tutto, le immagini erano fin dall'inizio in un formato standard. Non uno di quelli che siamo abituati ad utilizzare per le nostre fotografie, ma si tratta di immagini cruciali, non certo foto ricordo delle vacanze. JPEG è un formato per immagini a colori, con 256 livelli per canale, ed a perdita di informazione: parte di ciò che c'era nelle immagini originali viene quindi perso nella conversione. Il medico prudente non firmerebbe mai una diagnosi su immagini del genere, a meno che il contenuto non sia così ovvio da non rendere necessario un esame ulteriore oltre a quello del medico che le ha acquisite.

Per il formato DICOM esistono visualizzatori per ogni piattaforma. Sul CD viene distribuito solo quello per Windows, però sul CD stesso c'è un file README.TXT che dice che il visualizzatore sarebbe multipiattaforma. Probabilmente l'ospedale paga le licenze solo per la versione Windows. L'ospedale non è vittima inconsapevole: è al massimo inconsapevole utente di uno standard che per fortuna esiste. Io personalmente obbligherei ad includere i visualizzatori per tutte e tre le piattaforme principali, o quantomeno link a programmi adeguati, ma ovviamente il problema è relativo, visto che i destinatari di tale CD -i medici- sul luogo di lavoro hanno quasi sempre Windows, oppure il terminale di un PACS.

Io, che come Iaconesi non uso Windows, ho aperto le immagini sul mio Mac usando Osirix, free ed open source, del quale esiste anche una versione a pagamento per iPad. Ovviamente se me le guardo sul monitor, o sull'ipad, non avrò comunque a disposizione tutti i livelli di grigio con cui sono state salvate, anche se le tecniche di windowing usate nei visualizzatori DICOM aiutano comunque ad esaminare dettagli altrimenti non visibili (ma persi nel JPEG). Ci sono visualizzatori free anche per Linux, e se proprio necessario, ci si può anche scaricare il multipiattaforma ImageJ, free e pubblico dominio, che legge  DICOM sia nativamente sia tramite plugin per i formati compressi. Ovviamente buona parte di questi visualizzatori fungono anche da convertitori per cui non c'è bisogno di crearne uno apposta come si propone Iaconesi (sempre tenendo presente che ciò che si converte sarà meno informativo del formato di partenza).

Perché tutte queste apparenti difficoltà? Sono immagini fatte per il medico, non, come le ecografie prenatali, come ricordino di un esame. E per fortuna sono in un formato standard anche se in Italia, diversamente da altri Paesi, non è obbligatorio.

Ci sarebbero altre cose da dire: per esempio, chiedersi che senso ha uscire volontariamente dall'ospedale per andare a mettere online dati che ad eventuali altri medici serviranno per chiedergli di fare gli ulteriori accertamenti che avrebbe fatto rimanendo in ospedale. Con una veloce ricerca, la diagnosi di glioma a basso grado peraltro sembra portare a scelte abbastanza standard in termini di trattamento. E non confonderei nemmeno il principio della condivisione dei dati delle ricerche (sempre citato nell'articolo di Wired - non commento là perché avevo commentato, sono rimasto in attesa di moderazione mentre comparivano commenti spam, e non sono mai stato approvato) con il principio della condivisione dei propri dati personali - sono cose nettamente ed ovviamente diverse.

Sabato 15 Settembre 2012 at 11:04 am | | riCercare, vdm | Due commenti
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Alcuni chiarimenti sull'uso di ABILITANVUR

(UPDATE: c'è un post nuovo relativo alla nuova versione)

In aggiunta alla descrizione del programma ABILITANVUR, presentata in questo post, desidero chiarire un punto su cui non c'è modo algoritmico di fare chiarezza: cosa si intende per "pubblicazioni su rivista"?

Esistono articoli, review, editoriali, ma anche lettere, ed in certi settori atti di congresso pubblicati su rivista invece che su volume. Cosa dobbiamo contare?

Io ho chiesto un chiarimento all'ANVUR ma non ho avuto risposta. Pare però che altri abbiano chiesto e la risposta dovrebbe essere "tutto ciò che è su rivista e indicizzato". Il tutto però andrebbe incrociato con ciò che mettiamo sul sito personale del MIUR alla sezione "contributo su rivista". Lì è praticamente obbligatorio mettere anche gli atti di congresso pubblicati su rivista (o serie: per esempio LNCS, per gli informatici, che ha un ISSN ed è presente in Scopus), perché gli atti in volume non prevedono questa possibilità.

Di conseguenza ho modificato l'importazione del file di Scopus in modo da considerare tutto ciò che non è Conference Paper, ma anche questo è insoddisfacente, perché da un lato Scopus etichetta come Conference Paper atti usciti su rivista, dall'altro tra le mie pubblicazioni mi sono accorto che almeno una è su atti in volume ma indicizzata come Article. ISI ha una classificazione più grossolana, per cui quasi tutto è J. Per questa ragione tra parentesi, al primo indicatore, lascio il numero totale di pubblicazioni indicizzate: la verità sarà tra i due numeri, anche se uso il primo per attivare o meno il "verde".

Come indicazione generale, chi ha "verde" sulla fascia di interesse non dovrebbe avere problemi. Chi è sotto sul primo parametro ed ha differenze tra pubblicazioni totali e su rivista farebbe bene a guardare come vengono classificate, e magari farsi un file compatibile con quanto inserito sul sito personale. Questi ragionamenti non coinvolgono gli altri due parametri. In ogni caso l'ANVUR userà il massimo dei valori reperibili su ISI o Scopus, per cui stimando i parametri da un file proveniente da una sola delle due banche dati si possono sottostimare i parametri (anche se mi pare che Scopus sia più generosa, perlomeno per i settori che conosco).

Il tutto nell'attesa che il semaforo compaia sul sito personale, come promesso dall'ANVUR.

Preparare un file bibliografico.

Quando si esporta da ISI o Scopus si può scegliere cosa esportare, per cui chi può, si limiti a selezionare le proprie pubblicazioni e poi esportare (per evitare omonimi). Chi preferisce fare il lavoro a posteriori, o si prepara un file semplificato di tipo CSV, oppure dopo l'esportazione potrebbe cancellare le righe di troppo con un editor di testo. Si può anche importare in Excel, cancellare le righe e riesportare in formato CSV, ma purtroppo non sempre Excel interpreta la C di CSV come "comma", ed usa invece il punto e virgola. Meglio lavorare con OpenOffice, che garantisce una maggiore flessibilità.

Giovedì 13 Settembre 2012 at 10:54 am | | riCercare, vdm | Tredici commenti

PREMIO INTERNAZIONALE DI POESIA GRADIVA-NEW YORK

STATE UNIVERSITY OF NEW YORK

PREMIO INTERNAZIONALE DI POESIA GRADIVA-NEW YORK

La rivista internazionale GRADIVA, congiuntamente con la IPA (Italian Poetry in America), bandisce la prima edizione del Premio di Poesia Gradiva – New York.
Al Premio si concorre con un’opera di poesia di autori italiani pubblicata in Italia nel periodo compreso tra il primo gennaio 2011 e il primo dicembre 2012.
Al vincitore, designato dalla Giuria, sarà assegnato un premio di $1000 (mille dollari), il rimborso delle spese di viaggio e un soggiorno di due giorni a New York. Una selezione del libro premiato verrà tradotta in inglese e pubblicata, per uso scolastico,  in un’edizione bilingue presso l’editrice Gradiva Publications.
Le Case Editrici o gli autori interessati devono far pervenire una copia del loro libro ENTRO IL 10 GENNAIO 2013 ai seguenti componenti della Giuria, con l’indicazione su ogni copia del proprio indirizzo, comprensivo di telefono e di posta elettronica:
Luigi Bonaffini, Dept. of Modern Languages, Brooklyn College, Brooklyn, New York 11210-2889, USA.  Alfredo de Palchi, Presidente Onorario, Chelsea Editions, PO Box 125, Cooper Station, New York, N.Y. 10276-0125, USA. Luigi Fontanella, Presidente della IPA, PO Box 831, Stony Brook, New York 11790, USA. Irene Marchegiani, 303 Mountain Ridge Drive, Mt. Sinai, New York 11766, USA. Sylvia Morandina, Managing Editor di Gradiva, Dept. of European Studies, SUNY, Stony Brook, New York 11794-5359, USA. Anthony J. Tamburri, J. D. Calandra Institute, 17th floor, 25 W.  43rd Street, New York, New York 10036, USA.
La Giuria selezionerà i cinque libri finalisti nel corso della sua prima consultazione collegiale, prevista durante l’ultima decade di aprile. Una seconda riunione, prevista entro il 15 maggio, determinerà il vincitore del Premio Gradiva – New York.
La cerimonia conclusiva avrà luogo nell’autunno 2013 presso l’Auditorium della State University of New York, Stony Brook, sede di Manhattan (401 Park Ave South) e sarà preventivamente comunicata al vincitore, che è tenuto a presenziare  alla cerimonia. In caso di mancata partecipazione si perde qualsiasi diritto. Non si ammettono deleghe. 
__________________________
PER INFORMAZIONI: Segreteria Premio Gradiva – New York, Ms. Sylvia Morandina Dept. of European Studies, SUNY, Stony Brook, N.Y. 11794-5359, USA. Tel. 001-631-6327448.  Email: gradivasunysb@gmail.com

Mercoledì 05 Settembre 2012 at 10:20 pm | | doubleVie | Nessun commento
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Uno strumento per calcolare i propri parametri ANVUR per l'abilitazione scientifica nazionale

Questa mattina era fredda e ventosa, e ne ho approfittato per mettere in piedi uno strumentino Web per calcolare automaticamente i tre parametri ANVUR per i settori bibliometrici, a partire da un file che contenga anno di pubblicazione, numero di citazioni della propria produzione scientifica, e tipo pubblicazione.

Il programma è qua: ABILITANVUR.

UPDATE 25/10/2012: c'è un post nuovo relativo alla nuova versione.

UPDATE 13/9/2012: ho allargato il filtro nell'interpretazione del tipo pubblicazione di Scopus, ed aggiunto un post di spiegazioni.

UPDATE 6/9/2012: grazie a S.Mizzaro, U. di Udine, ho corretto un bug sul verde relativo al numero di pubblicazioni: consideravo tutte e non solo quelle su rivista. Grazie a Salvatore invece ho cambiato arrotondamento, che sottostimava l'H index contemporaneo.

UPDATE 4/9/2012: può esserci qualche problema con ISI. Alcuni si risolvono salvando in UTF-8 (è tra le opzioni possibili, Win o Mac non fa differenza). Per gli altri ci sto pensando.

UPDATE v0.4: le due modifiche principali sono la possibilità di usare i file esportati da ISI, e il fatto che utilizzo il tipo pubblicazione per determinare gli articoli su rivista (primo parametro ANVUR).

UPDATE v0.2: grazie a Rino Galizia, U.Napoli, ho corretto alcuni erroretti nel calcolo dell'età accademica, del numero di pubblicazioni, del contemporary H index. Al momento però il primo parametro necessita ancora di aggiustamento: nel numero di pubblicazioni degli ultimi 10 anni considero tutte le pubblicazioni del file dal 2002, mentre bisognerebbe selezionare solo quelle su rivista (in certi settori i due numeri possono differire non di poco). Aggiungerò una terza colonna per indicare il tipo, nel frattempo è anche il parametro più facile da calcolare a mano...

 I tre parametri considerati dall'ANVUR come soglia per l'abilitazione scientifica nazionale sono: numero di pubblicazioni indicizzate nei database negli ultimi dieci anni (eventualmente normalizzate per età accademiche <10 anni), numero di citazioni totali normalizzate per età accademica, Contemporary H-index. Niente di difficilissimo da calcolare avendo a disposizione ISI o Scopus, ma almeno l'ultimo parametro comporta qualche conto. In particolare, chi passa di qua cercando come calcolare l'H-index, sappia che l'ANVUR non ha scelto l'H-index "liscio", ma il Contemporary H-index, che normalizza i valori in base all'età degli articoli.

Questo programma fa i conti necessari (inclusa l'età accademica) e confronta il risultato con le mediane aggiornate pubblicate dall'ANVUR, per il proprio gruppo disciplinare e per entrambi i concorsi: segnale verde o segnale rosso per chi ha o meno i requisiti.

L'input è costituito da un file che descrive le proprie pubblicazioni. Può essere di tre tipi:

  • il file ".CSV" prodotto con la funzione di export di Scopus (comma-separated values, citations only);
  • il file prodotto con l'esportazione di ISI: "more options" -> Records dal primo all'ultimo, togliere la spunta a Plus Abstracts, "Save to other Reference Software"->"Save to TAB-delimited UTF-8";
  • oppure un file ".CSV" contenente almeno 3 colonne: la prima con l'anno di pubblicazione, la seconda col numero di citazioni (con riga di intestazione), la terza con un'indicazione del fatto che la pubblicazione è su rivista. Basta un J, o altro: non conto le righe su cui non c'è niente, ma non uso il contenuto in altri modi (per il momento) (quindi: qualcosa per gli articoli su rivista, niente per il resto). Non c'è controllo degli errori: se un file è mal composto, l'esito non è affidabile.
  • Per facilitare la vita a chi ha provato finora, è anche possibile usare un file CSV con 2 colonne, senza il tipo pubblicazione; vengono semplicemente usate tutte (ma in questo modo si sovrastima il primo parametro).

Poichè l'ANVUR considera il massimo tra i dati presenti su ISI e su Scopus, probabilmente la soluzione ideale è costruirsi a mano il file CSV partendo da entrambe le banche dati (tutte le pubblicazioni possibili, e per ognuna il numero massimo di citazioni tra le due versioni). Ricordo che, perché vengano poi considerate per l'abilitazione, le stesse pubblicazioni devono essere presenti sul sito CINECA.

NB: registro i risultati dei calcoli e quando ce ne saranno abbastanza, pubblicherò qualche statistica. Non saranno di gran valore perchè chiunque può provare più e più volte con i file che preferisce.

NB2: ho fatto il possibile per implementare correttamente l'algoritmo, ma ovviamente non garantisco niente. Qui il post sul mio blog, dove lasciare commenti.

L'input è costituito dal file ".CSV" prodotto con la funzione di export di Scopus (comma-separated values, citations only), e contenente la lista delle proprie pubblicazioni, oppure un file ".CSV" contenente almeno due colonne: la prima con l'anno di pubblicazione, la seconda col numero di citazioni (con riga di intestazione). Non c'è controllo degli errori: se un file è mal composto, l'esito non è affidabile. È responsabilità di chi prepara il file assicurarsi che contenga solo le pubblicazioni su rivista: il programma non fa alcuna selezione. Per come trovare i dati, rimando al post che avevo fatto a suo tempo (e precedenti). Posso aggiungere che se da Scopus basta esportare, non ho ancora avuto tempo di capire come fare da ISI, per cui per test io mi sono semplicemente copiato a mano anno e numero citazioni dall'elenco che avevo già predisposto in ResearcherID - pochissimi minuti.

Sabato 01 Settembre 2012 at 4:39 pm | | riCercare, vdm | 92 commenti